個人事業主の医療費控除──経費ではなく所得控除。だから国民健康保険料は1円も下がらない

歯の治療で20万円かかった。会社を辞めてから体調を崩して通院が続いた。

そういうとき、「これは事業の経費になりますか」と聞かれます。

**なりません。**医療費は経費ではなく、所得控除です。同じ「税金が減る」でも、効く場所と効き方がまったく違う。この違いを分かっていないと、金額の見積もりも、家族のうち誰が申告するかの判断も、全部ずれます。

まず、置き場所が違う

個人事業主の税金は、こういう順番で決まります。

1. 売上 − 必要経費 ＝ 事業所得（ここで青色申告特別控除を引く）
2. 事業所得などを合算して 総所得金額等
3. 総所得金額等 − 所得控除 ＝ 課税所得
4. 課税所得 × 税率 ＝ 税額

経費は1の段階、医療費控除は3の段階です。

この位置の違いが、後で効いてきます（後述します）。

計算式は、引き算が2回ある

国税庁の整理では、こうです。

（実際に支払った医療費の合計額-（1）の金額）-（2）の金額

• （1）保険金などで補填される金額 — 生命保険の入院給付金、健康保険の高額療養費・出産育児一時金など
• （2）10万円 — ただしその年の総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5パーセント

控除額の上限は最高で200万円です。

ここで、独立した人にとって見逃せないのが（2）です。

総所得金額等が200万円未満なら、10万円ではなく5%が基準になる。

独立1年目で所得が伸びない年、あるいは経費が先行して所得を圧縮した年ほど、医療費控除の敷居は下がります。「10万円を超えていないから関係ない」と決めつける前に、自分の総所得金額等を見てください。

なお（1）の保険金は、**その給付の目的となった医療費から差し引きます。**入院給付金が入院費を上回っても、その差額を別の通院費から引く必要はありません。

家族の分をまとめられる

対象になるのは、次の範囲です。

自己または自己と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費

**生計を一にしていれば、同居していなくてもよい。**仕送りをしている親、下宿している子の医療費も、自分が支払っていれば合算できます。

誰が申告するかは、原則として所得の高い人に寄せるのが有利です。税率が高いほど、同じ控除額でも減る税額が大きくなるからです。

ただし例外があります。**総所得金額等が200万円未満の人に寄せると、5%基準が効く。**世帯の医療費が7万円程度で、片方の所得が低いなら、低いほうに寄せたほうが控除が取れることがあります。「高いほうに寄せる」は絶対のルールではありません。

なお、扶養に入れているかどうかは関係ありません。判定は「生計を一にする」かどうかです。

対象になるもの、ならないもの

つまずきやすいところだけ挙げます。

**電車代は入るのに、車のガソリン代は入らない。**同じ「通院のための移動」でも扱いが割れます。付き添いが必要な場合の付添人の交通費など、個別の判断が要る論点も多い領域です。

もうひとつ。その年に実際に支払ったものが対象です。未払いの医療費は、現実に支払った年の医療費控除になります。12月の治療で1月に払ったなら、翌年分です。

本題：所得控除だから、国民健康保険料には効かない

ここが、会社員から独立した人がいちばん誤解するところです。

医療費控除は所得税と住民税を減らします。しかし国民健康保険料は、1円も下がりません。

理由は算定式にあります。東京23区の各区が案内しているとおり、国保の所得割は「前年中の総所得金額等から基礎控除額43万円を差し引いた額」をもとに計算されます。そして、配偶者控除・扶養控除・社会保険料控除・医療費控除といった各種所得控除は、適用されません。

先ほどの4段階を思い出してください。国保料が見ているのは2の総所得金額等であって、3の所得控除より前です。

この構造が分かると、独立してからの打ち手の優先順位が変わります。

**青色申告特別控除だけが、所得控除と同じ「控除」の名前を持ちながら、事業所得の段階で効きます。**だから国保料まで下がる。iDeCoや小規模企業共済は税金には効くけれど、保険料には届かない。

国保料は所得のおよそ1割前後になることも珍しくありません。**「どの段階で引けるか」は、税率の差より大きな話になりうる。**独立してから65万円控除を取りにいく価値は、ここにもあります。

セルフメディケーション税制という別の道

医療費が10万円（または5%）に届かない年には、もうひとつ選択肢があります。

セルフメディケーション税制です。特定一般用医薬品等購入費について、実際に支払った合計額から**12,000円を差し引いた金額（最高88,000円）**が控除されます。

条件は2つ。

• 健康の保持増進および疾病の予防への取組として「一定の取組」を行っていること（健康診査、予防接種、定期健康診断、メタボ健診など）
• 通常の医療費控除と併せて受けることはできない（どちらかを選択）

しかも、**いずれかの適用を選択した後、更正の請求や修正申告によりこの選択を変更することはできません。**選び直しがきかない、ということです。

フリーランスにとって刺さるのは1つ目です。会社の定期健康診断がなくなると、健診を自分で受けにいく必要がある。その健診費用そのものは医療費控除の対象外ですが、**セルフメディケーション税制の「一定の取組」の証明にはなります。**健診を受けていない年は、この制度自体が使えません。

適用期限は令和8年12月31日まで。延長の可能性はありますが、現時点で示されている期限はここです。

手続きは、明細書1枚

確定申告書に医療費控除の明細書（またはセルフメディケーション税制の明細書）を作成して添付します。

領収書の提出は不要になりましたが、確定申告期限等から5年を経過する日までの間は保管が必要です。健康保険組合などから届く医療費通知を使えば、明細の記入を簡略化できます。

e-Taxで申告するなら、通知データを取り込んで一気に埋めるのがいちばん速い。1年分のレシートを机に広げて数えるのは、いま選ぶ方法ではありません。

正直に書きます

私は独立してから、医療費のレシートを一度も集めていなかった年があります。「どうせ10万円に届かない」と思っていたからです。

後で計算したら、家族の分を足すと届いていました。**生計を一にする家族の分を合算する、という一行を知らなかっただけです。**歯科と眼科と、子どもの通院。1件ずつは小さくても、世帯で1年分積むと景色が変わる。

やることは単純です。**医療費のレシートは、世帯全員分を1つの封筒に放り込む。**中身を判定するのは年明けでいい。判定より前に、集める仕組みだけ先に作る。

そのうえで、期待値は正しく持ってください。**医療費控除は税金を減らす制度であって、保険料を減らす制度ではありません。**独立してからの固定費を本気で下げたいなら、効く場所が違います。

まとめ

• 医療費は必要経費ではなく所得控除。事業所得の計算ではなく、その後の段階で引く。
• 計算は**（支払った医療費−保険金等で補填される金額）−（10万円または総所得金額等の5%のいずれか低い方）、控除額は最高200万円**。
• **総所得金額等が200万円未満なら5%基準。**所得が低い年ほど敷居が下がる。
• 生計を一にする配偶者やその他の親族の分も合算できる。原則は所得の高い人に寄せるが、200万円未満の人に寄せて5%基準を使ったほうが有利な場合もある。
• 通院の電車・バス代は対象、自家用車のガソリン代・駐車場代は対象外。タクシーは公共交通機関が使えない場合を除き対象外。健康診断は原則対象外。
• **国民健康保険料には効かない。**国保の所得割は総所得金額等から基礎控除43万円を引いて算定し、医療費控除などの所得控除は適用されない。青色申告特別控除は事業所得の段階で効くので、国保料まで下がる。
• セルフメディケーション税制は12,000円を超える部分（最高88,000円）。通常の医療費控除との選択適用で、選択後の変更はできない。「一定の取組」が要件で、適用期限は令和8年12月31日。
• 手続きは医療費控除の明細書を添付。領収書は5年保管。

制度の内容は年度で変わり、有利不利は自分の所得と世帯の状況で入れ替わります。この記事は仕組みの整理までです。実際の判断は自分の数字を入れて税理士に確認してください。

参考：国税庁 タックスアンサーNo.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」（令和7年4月1日現在法令等）／No.1122「医療費控除の対象となる医療費」／No.1129「特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）」（令和7年4月1日現在法令等）／東京都特別区各区「国民健康保険料の計算」（所得割算定基礎額＝総所得金額等−基礎控除43万円）